干旱所前身是成立于1974年的甘肃省气象科学研究所，2001年作为中国气象局“一院八所”之一，开始进行国家级科研院所科技体制改革。通过改革，实行理事会领导下的所长负责制，建立起“开放、流动、协作、竞争”的新型管理模式和运行机制，形成了“宽松工作氛围、紧张工作步骤、浓厚科学气氛”的干事创业环境，确立了面向干旱气象研究国际前沿和国家及地方需求的科技创新目标。2004年10月，干旱所以优异的成绩顺利通过科技部、财政部、中编办等组织的公益类科研院所科技体制改革联合验收。在2006年召开的全国气象科技大会上，干旱所获“全国气象科技工作先进集体”光荣称号。未来5～10年，干旱所将逐步建设成为专业特色突出、科研水平达到国内一流、国际知名的干旱研究中心和干旱气象人才培养基地。 干旱所拥有一支精干高效、充满生机和活力的科研队伍，目前在职职工34人，其中研究人员28人，研究员5人，副研究员9人。博士2人，硕士16人，在读博士5人，平均年龄36岁。另外，全所聘请聘用科研流动人员40人。

国家科技攻关项目;国家自然科学基金项目;科技部项目

“十五”至今，兰州干旱气象研究所申请立项、发表论文和获奖成果大幅度增加，共申报各类科研项目405项，立项127项（其中国家科技攻关项目1项，国家自然科学基金项目6项，科技部项目7项），获得资助经费2000多万元；共发表论文519篇,其中在SCI、SCIE、EI类收录刊物上发表25篇，在一级核心刊物上发表论文186篇；获各种科技奖64项，其中省部级奖7项。